2013年12月に登場した初代「SLOT魔法少女まどか☆マギカ」の正統後継機。
初代で好評だった要素は継承しつつ、多彩な新規追加要素でゲーム性が大幅に進化。基本仕様は、1ゲーム2.5枚純増のAT機。
通常時は、前兆ステージ移行やチャンスゾーン突入でAT「マギカラッシュ」のチャンス。チャンスゾーンは2種類あり、「マギカチャンス」なら期待度 約30%。「朽ちた墓地」ならAT確定+エピソードボーナスのチャンス。「マギカラッシュ」は初期差枚数100枚以上の差枚数管理型で、消化中はランクアップ型上乗せゾーン「マギカアタック」やバトル型上乗せ特化ゾーン「ワルプルギスの夜」などを抽選。AT中はレア役高確状態「ソウルジェムシステム」を搭載。各キャラクターごとに対応役が異なり、対応役成立でレア役へと変換されるため、様々な場面で上乗せをアシストする。「マギカアタック」は枚数上乗せだけではなく、ボーナスや「ワルプルギスの夜」へ報酬を自力昇格させることができる。「ワルプルギスの夜」は継続率 MAX80%で、ほむらが倒れない限り枚数上乗せ+継続となる。ボーナスはATによる擬似ボーナスで大きく2種類。ビッグボーナス(30ゲーム継続)は告知タイプを3種類から選択でき、枚数上乗せや「ワルプルギスの夜」を抽選。エピソードボーナス(50ゲーム継続)は、エピソードの種類で特典が変化する。
その他、プレイヤーに不利な状況発生で蓄積する「穢れシステム」や、ロングフリーズから突入する「アルティメットボーナス」なども搭載している。